Największą jednak rolę w Karkonoszach odegrały wydarzenia związane z wojną trzydziestoletnią i walkami religijnymi tego okresu. Paradoksem jest, że wojna ta, która tak straszliwie spustoszyła Śląsk, Karkonoszom przyniosła falę osadnictwa. Wprawdzie i tu toczyły się walki, lecz miejscowa ludność była przede wszystkim nękana rozbojami i kontrybucjami wojsk wszystkich walczących stron. Tutaj, jeszcze w 1579 r., wybuchło w dobrach kowarskich hrabiego von Schaffgotscha powstanie chłopów, ale miało ono podłoże ekonomiczne.

Wojna trzydziestoletnia dotarła do podnóży Karkonoszy stosunkowo wcześnie, zmuszając ludność do opuszczenia domów, pozostawienia większości dobytku i szukania bezpiecznych kryjówek głęboko w górach, w nadziei, że wróg tam nie dotrze. Przypadkiem przyczyniło się to do lepszego poznania Karkonoszy. Wiadomo, że uciekano dolinami Łomniczki, Czerwieni, Podgórnej, Sośniaka i wieloma innymi. Z tego okresu pochodzi część nazw miejscowych, wyraźnie związanych z wydarzeniami wojennymi. Zaliczyć do nich można Kozacką Dolinę. W 1622 r. w Kowarach i Jeleniej Górze pojawili się li-sowczycy pod dowództwem Stanisława Stroynowskiego, któremu towarzyszył jako hetman książę Zygmunt Karol Radziwiłł. Posiłkowali oni w wojnie cesarza Ferdynanda II i przybyli w ten rejon po ekspedycji na ziemi kłodzkiej. Poprzedzały ich przesadne opinie o dokonywanych okrucieństwach, łupieżach, ale i waleczności. Nic więc dziwnego, że w miejscowej ludności, nazywającej ich kozakami, wzbudzali paniczny strach.

Wieśniacy, uciekając w góry, często bytowali w nich przez dłuższe okresy i siłą rzeczy wznosili jakieś budynki. W ten sposób powstały Budniki, które przekształciły się potem w wieś, zniknęły natomiast założone wówczas w pobliżu Dolne Miasteczko i Górne Miasteczko. Zostały po nich tylko nazwy zboczy. Do takich kryjówek należały też Husyckie Kąty nad Miłkowem. Praktycznie każda wioska miała swoje schronienie w górach. Zycie wtedy toczyło się w nich, a wsie stały pustką, zrabowane, jeśli nie spalone. Te leśne osady po wojnie często pozostawały jako sezonowe osiedla pasterzy, służąc przy okazji wędrowcom zapuszczającym się coraz częściej w góry.

Pomimo okropności wojennych sytuacja po śląskiej stronie była chyba jednak lepsza, skoro przez cały okres wojny trzydziestoletniej przybywały tu z Czech kolejne grupy uchodźców religijnych, szukających możliwości spokojniejszego życia wśród protestanckich współwyznawców. I tak w 1620 r. do Marysina przybyły dwie grupy, być może ściągnięte tam przez Marię Pluch. Szybko rozwijał się Karpacz, w 1602 r. istniało już sędziostwo z karczmą, w 1622 r. osiadła tam spora grupa uchodźców z Czech, którzy dali początek sławnemu potem ośrodkowi zielarstwa, w 1635 r. dwadzieścia rodzin z Czech założyło wyżej Karpacz Górny, wreszcie w 1643 r. zjawiły się kolejne grupy. W 1644 r. szwajcarski cieśla Martin Markensteiner, uciekający z Czech, założy! Borowice, trzech braci Michałów – również z Czech -Michałowice, a Matheus Lange z Przesieki – Zachełmie. Tylko ta ostatnia miejscowość powstała po wojnie, około połowy XVII w., jako normalna kolonia w dobrach hrabiego von Schaffgotscha, ale i tam, w latach 1650-1651 osiadła grupa czeskich egzulantów pod przywództwem Fucknera. Nieco inaczej wyglądał początek Wilczej Poręby, powstałej w XVII w. jako osada kurzaków, w której ulokowano leśniczówkę. Inna była też geneza Białej Doliny w Szklarskiej Porębie. Założył ją w 1617 r. hrabia Hans Ulrych von Schaffgotsch przy nowej hucie szkła, prowadzonej przez protoplastę znanego rodu śląskich szklarzy – Wolfganga Preusslera. W 1651 r. przy sędziostwie Behndela wyrósł Jagniątków, w którym również zamieszkali uchodźcy z Czech.