Najväčšiu úlohu však v Krkonošiach zohrali udalosti súvisiace s tridsaťročnou vojnou a náboženskými bojmi tej doby.. Je to paradox, že táto vojna, ktorý tak strašne zdevastoval Sliezsko, Do Krkonoš to prinieslo vlnu osídľovania. Pravdaže, aj tu boli bitky, ale miestne obyvateľstvo bolo sužované predovšetkým lúpežami a príspevkami armád všetkých bojujúcich strán.. Tu, stále v 1579 r., na panstve grófa von Schaffgotsch v Kowaroch vypuklo sedliacke povstanie, ale malo to ekonomický základ.
Tridsaťročná vojna zasiahla predhorie Krkonoš pomerne skoro, nútení obyvateľov opustiť svoje domovy, nechajte väčšinu svojich vecí a hľadajte bezpečné úkryty hlboko v horách, v nádeji, že sa tam nepriateľ nedostane. Zhodou okolností prispel k lepšiemu poznaniu Krkonoš. Vieš, že utiekli dolinami Łomniczky, Reds, Podgórna, Sośniak a mnohí ďalší. Z tohto obdobia pochádzajú aj niektoré miestne názvy, jednoznačne súvisí s vojnovými udalosťami. Patrí k nim Kozácka dolina. W 1622 r. Lišovčania pod velením Stanisława Stroynowského sa objavili v Kowaroch a Jelenci, sprevádzaný ako hetman princom Zygmuntom Karolom Radziwiłłom. Vo vojne podporovali cisára Ferdinanda II. a do tejto oblasti prišli po výprave na Kłodzkovu zem.. Predchádzali im prehnané názory na spáchané zverstvá., Lupiny, Ale aj statočnosť. Takže niet divu, V miestnom obyvateľstve, Nazývať ich kozákmi, Vzbudil strach z paniky.
Rodičia, Útek do hôr, Často v nich žili dlhšie a nevyhnutne stavali niektoré budovy.. Takto vznikol Budniki, Ktorá sa neskôr zmenila na dedinu., Dolné mesto a horné mesto, založené v tom čase neďaleko, však zanikli. Po nich zostali len názvy zjazdoviek. Medzi takéto úkryty patrili aj Husitské Kąty nad Miłkowem. Prakticky každá dedina mala svoj vlastný úkryt v horách. Život sa odohrával v nich., Dediny boli prázdne, Ulúpený, Ak nie je spálený. Tieto lesné osady po vojne často zostali ako sezónne osady pastierov, servírovanie cestou pútnici, ktorí sa čoraz častejšie vydávajú do hôr.
Napriek hrôzam vojny bola situácia na sliezskej strane zrejme lepšia, keďže počas celého obdobia tridsaťročnej vojny sem prichádzali postupne skupiny náboženských utečencov z Českej republiky, hľadať pokojnejší život medzi protestantskými spoluveriacimi. A tak v 1620 r. Do Marysinu prišli dve skupiny, možno tam ťahala Maria Pluch. Karpacz sa rýchlo rozvíjal, w 1602 r. tam už bol sudca s hostincom, w 1622 r. sa tam usadila veľká skupina utečencov z Českej republiky, ktorý založil vtedy známe centrum bylinnej medicíny, w 1635 r. Dvadsať rodín z Českej republiky založilo Karpacz Górny vyššie, konečne v 1643 r. sa objavilo viac skupín. W 1644 r. Švajčiarsky stolár Martin Markensteiner, na úteku z Českej republiky, založí! Borowice, troch bratov Michalovcov – aj z Českej republiky -Michałowice, a Matheus Lange z Przesieka – Zachełmie. Až posledné miesto vzniklo po vojne, okolo polovice 17. storočia, ako normálna kolónia na panstve grófa von Schaffgotscha, ale aj tam, v rokoch 1650-1651 skupina českých exulantov sa usadila pod vedením Fucknera. Začiatok Wilcza Poreba bol trochu iný, založená v 17. storočí. ako slepačia osada, v ktorej sa nachádza hájovňa. Iná bola aj genéza Bielej Doliny v Szklarskej Porębe. Založil ho v r 1617 r. Gróf Hans Ulrych von Schaffgotsch v novej sklárni, vedený predkom známeho rodu sliezskych sklenárov – Wolfgang Preussler. W 1651 r. Jagniątków vyrastal s Behndelovým porotcovaním, kde žili aj utečenci z Českej republiky.