Největší roli však v Krkonoších sehrály události související s třicetiletou válkou a náboženskými boji té doby.. Je to paradox, že tato válka, která tak strašně zdevastovala Slezsko, To přineslo do Krkonoš vlnu osídlení. Nutno přiznat, že i zde došlo k potyčkám, ale místní obyvatelstvo bylo sužováno především loupežemi a příspěvky od armád všech válčících stran. Tady, stále v 1579 r., na panství hraběte von Schaffgotsch v Kowarech vypuklo selské povstání, ale mělo to ekonomický základ.

Třicetiletá válka zasáhla podhůří Krkonoš poměrně brzy, nutí obyvatelstvo opustit své domovy, nechte většinu svých věcí a hledejte bezpečné úkryty hluboko v horách, v naději, že se tam nepřítel nedostane. Shodou okolností přispěl k lepšímu poznání Krkonoš. Víš, že utekli údolími Łomniczky, Červené, Podgórna, Sośniak a mnoho dalších. Z tohoto období pocházejí i některé místní názvy, jednoznačně souvisí s válečnými událostmi. Patří mezi ně Kozácké údolí. V 1622 r. Lishovani pod velením Stanisława Stroynowského se objevili v Kowarech a Jelení Hoře, v doprovodu prince Zygmunta Karola Radziwiłła jako hejtmana. Ve válce podporovali císaře Ferdinanda II. a do této oblasti přišli po výpravě na Kladsko. Předcházely jim přehnané názory na spáchaná zvěrstva, lupy, ale také statečnost. Není tedy divu, že v místní populaci, říkat jim kozáci, vzbuzovaly panický strach.

Vesničané, utíkat do hor, často v nich pobývali dlouhou dobu a nutně stavěli nějaké budovy. Tak vznikly Budniki, která se později proměnila ve vesnici, Na druhé straně zanikla v okolí založená Dolne Miasteczko a Górne Miasteczko. Zůstaly po nich jen názvy sjezdovek. Mezi takové úkryty patřily i Husyckie Kąty nad Miłków. Prakticky každá vesnice měla své útočiště v horách. Život v nich pak šel dál, a vesnice byly prázdné, vyplenili, pokud není spálený. Tyto lesní osady po válce často zůstaly jako sezónní pastevecké osady, zároveň slouží turistům, kteří se do hor vydávají stále častěji.

Navzdory hrůzám války byla situace na slezské straně zřejmě lepší, neboť po celou dobu třicetileté války sem přicházely postupně skupiny náboženských uprchlíků z České republiky, hledající klidnější život mezi protestantskými souvěrci. A tak dovnitř 1620 r. Do Marysinu přišly dvě skupiny, snad tam zatáhla Maria Pluch. Karpacz se rychle rozvíjel, w 1602 r. už tu byl soudce s hostincem, w 1622 r. se tam usadila velká skupina uprchlíků z České republiky, který založil tehdy slavné centrum bylinné medicíny, w 1635 r. výše Karpacz Górny založilo dvacet rodin z České republiky, konečně dovnitř 1643 r. se objevilo více skupin. V 1644 r. Švýcarský tesař Martin Markensteiner, na útěku z Česka, založí! Borowice, tři bratři Michałówové – také z České republiky -Michałowice, a Matheus Lange z Przesieka – Zachełmie. Až poslední místo vzniklo po válce, kolem poloviny 17. století, jako normální kolonie na panství hraběte von Schaffgotsche, ale i tam, v letech 1650-1651 skupina českých exulantů se usadila pod vedením Fucknera. Začátek Wilcza Poreba byl trochu jiný, založena v 17. století. jako slepičí osada, ve kterém se nachází hájovna. Jiná byla i geneze Bílé doliny ve Szklarské Porębě. Založil ji v r 1617 r. Hrabě Hans Ulrych von Schaffgotsch v nové sklárně, provozuje předek známého rodu slezských sklenářů – Wolfgang Preussler. V 1651 r. Jagniątków vyrostl s Behndelovým soudnictvím, kde žili i uprchlíci z České republiky.