Flóra Krkonôš je jednou z najbohatších a najcennejších v Sudetách, ľudskou činnosťou sa však už výrazne zmenil. Krkonoše, napriek nie veľmi pôsobivej výške, majú jasne tvarované a pestré rastlinné vrstvy. Kvôli drsnej klíme sú tieto poschodia umiestnené ešte o niekoľko sto metrov nižšie ako v iných vysokých horách, napríklad Tatry. Väčšinou čím vyššie poschodie, tým lepšia je ochrana pravekej prírody, ale nie je to celkom pravda, pretože práve v Krkonošiach sú vrcholové a chrbtové partie ľahko dostupné a človekom už výrazne spracované; oddávna sprevádzali ľudské sídla a cesty početní zástupcovia synantropnej flóry.
Piemontské poschodie (do výšky cca 500 m n.p.m.) sa prakticky úplne zmenila, zmenili na orné polia a lúky, len s malými zmiešanými porastmi.
Nižšia horská úroveň (do výšky cca 1000 m n.p.m.) predtým to boli zmiešané lesy, s prevahou buka, v súčasnosti ich väčšinou nahrádzajú smrekové lesy. Pôvodné fragmenty spodného horského lesa sú najlepšie zachované v oblasti Chojnik a vodopádu Szklarki (oba sú chránené v enklávach Karkonosského národného parku).
Horné horské lesné poschodie (do výšky cca 1250 m n.p.m.) boli husté smrekové lesy, predtým nahradili človekom vysadené smreky, často zo semien nížinných odrôd, a preto nie je prispôsobený náročným pôdnym a klimatickým podmienkam. To sa okrem iného stalo príčinou ich ľahkého zničenia v dôsledku ekologickej katastrofy, ku ktorému došlo v západných Sudetách koncom rokov 70. a to viedlo k vyschnutiu takmer celého horného horského lesa a značných úsekov horných lesných častí dolného horského regiónu. Tunajšie lesy sú už roky vystavené priemyselným emisiám z mnohých českých lesov, nemčine a poľštine (Turoszów) hnedouhoľné elektrárne. Zlúčeniny síry, ktoré emitujú, v kombinácii s výdatnými zrážkami spôsobujú kyslé dažde. Oslabené smrekové porasty sa stali obeťou masívne sa vyskytujúceho indexu smrekovca. Larvy tohto hmyzu jedia mladé ihly, čo vedie k usychaniu dospelých stromov. Na hornej hranici lesa nadobúdajú smreky zakrpatenú formu, často vlajkový zvyk, formované tu prevládajúcimi vetrami. Sprevádzajú ich typické horské druhy, napríklad karpatská breza, sliezska vŕba, horský popol.
Reakciou na ekologickú katastrofu sudetských lesov bolo vytvorenie Lesnej génovej banky v Kostrzyci, v ktorej sa zbierajú semená druhov charakteristických pre sudetské horské lesy. Spustený v r 1995 r. moderné zariadenie bolo vybudované z ekologických fondov s významným finančným príspevkom Svetovej banky.
Ešte vyššie (do cca 1450 m n.p.m.) dosahuje poschodie horskej borovice, v ktorých prevládajú fľaky tohto druhu borovice horskej a byliny- a pasienkov, a nad ním je už len subalpínske poschodie (halne), dominujú bylinné druhy a skalné lišajníky. Okrem toho je to bylinná a krovitá vegetácia, ktorá je druhovo najbohatšia a medzi nimi je najtypickejšia horská, chránené, a dokonca aj endemické odrody. Veľmi zaujímavé sú aj vrchoviská s jazierkami.
Svet zvierat je skromnejší, a je to spôsobené skutočnosťou, že do Krkonoš prenikli ľudia už oddávna, v minulosti dosť husto osídlené, a predtým zbavené lesov pre potreby priemyslu. Preto sa tu veľké dravce už niekoľko storočí neobjavujú – len miestne názvy sú po nich stopy, napríklad Medvede, Wilcza Poręba, Gawry. Jeleňov je však veľa, diviakov a menších cicavcov nižšie. Svet vtákov je bohatý, a najmä bezstavovcov, medzi ktorými sú najviac chránené a endemické druhy. V súčasnosti sú z prírodného hľadiska najzachovalejšími oblasťami Krkonoše prísne rezervácie a predhorie Lasocki Grzbiet. (údolia Złotna a Srebrnik).
Prírodné hodnoty Krkonôš, takže ich geologická stavba, topografia s jasne viditeľnými prvkami ľadovcového reliéfu, rastlinný a živočíšny svet vytvoril, že už v 1933 r. Vznikli tu prvé prírodné rezervácie vrátane postglaciálnych kotlov a mnohých prírodných pamiatok, väčšinou skaly. Po 1945 r. niektoré prírodné rezervácie boli zachované, a od 1 januára 1959 r. Svoju činnosť začal Karkonoský národný park, ktorej vedenie a múzeum sa v súčasnosti nachádza v Jelencii-Sobieszówe, na úpätí Chojnika. Pokrýva 5549 ha, počítajúc do toho 1717 ha v prísnych rezervách. W 1963 r. Vznikol český Krkonošský národný park s rozlohou 38 500 ha, z toho cca 7500 ha sa nachádza v prírodných rezerváciách.
Napriek podniknutým krokom však degradácia krkonošského prírodného prostredia pokračovala, až do ekologickej katastrofy roky 1978-1985. To je dôvod, prečo to tak bolo, že hlavné zdroje znečistenia a ohrozenia boli mimo hraníc chránených území. Paradoxne, na prírodné prostredie mala pozitívny vplyv len hospodárska kríza v Poľsku a Českej republike a rozpad NDR, čo umožnilo dostať situáciu v Krkonošiach pod kontrolu. V súčasnosti sa objavuje, že najväčšiu hrozbu pre nich predstavujú príliš ambiciózne plánované a realizované lyžiarske a športové investície na oboch stranách hranice.